Ова е список на музеите во Македонија, подредени по градови:
- Историски музеј, Крушево
- Музеј на град Кратово, Кратово
- Музеј на Македонија, Скопје
- Музеј на современата уметност, Скопје
- Музеј на криминалистика, Скопје
- Републички завод за заштита на спомениците на културата, Скопје
- Музеј на град Неготино, Неготино
- Музеј на Град Скопје, Скопје
- Национална галерија на Македонија
- Музеј на тетовскиот крај, Тетово
- Музеј „Западна Македонија во НОВ“, Кичево
- Народен музеј „Д-р Никола Незлобински“, Струга
- Народен музеј, Куманово
- Народен музеј Велес, Велес
- Народен музеј П.О., Свети Николе
- Нумизматички музеј на Народна банка на Република Македонија, Скопје
- Природонаучен музеј на Македонија, Скопје
- Музеј на македонската борба, Скопје
- НУ Музеј – Гевгелија, Гевгелија
- Музеј-галерија – Кавадарци, Кавадарци
- Работнички универзитет „Кирил и Методиј”, Гевгелија
- Уметничка галерија, Струмица
- Завод за заштита на спомениците на културата и Народен музеј во Штип
- Завод за заштита на спомениците на културата и Народен музеј во Охрид
- Завод за заштита на спомениците на културата на град Скопје, Скопје
- Спомен-дом на култура „Благој Јанков Мучето“, Струмица
- Завод за заштита на спомениците на културата и Музеј, Струмица
- Завод и Музеј, Прилеп
- Музеј на тутун, Прилеп
- Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости, музеј и галерија, Битола
- Музејска збирка – Библиотека Искра, Кочани